Serial opowiada o wyprawie pod dowództwem dr Elizabeth Weir, która przez Gwiezdne Wrota udaje się do Atlantydy – legendarnego miasta Starożytnych. Misją zespołu jest zbadanie tajemnic tego miejsca i pozyskanie technologii, która mogłaby pomóc Ziemi. Jest to spin-off popularnego serialu "Gwiezdne Wrota SG-1", ukazujący nowe wyzwania i niebezpieczeństwa w odległej galaktyce.