Serial dotyczy jednej z najsłynniejszych wojen w odległej galaktyce - Wojny Klonów, które rozprzestrzeniają się na wiele planet. Rycerze Jedi, dowodzący potężną Wielką Armią Republiki, walczą z armią separatystów, zagrażających stabilności państw. Widzowie śledzą rozmaite bitwy i losy bohaterów po obu stronach konfliktu, poznając skomplikowane tło polityczne i moralne tego epokowego starcia. Serial ukazuje zarówno heroizm, jak i tragedię wojny, badając granice dobra i zła w świecie Gwiezdnych Wojen.